Banyak perubahan yang dilakukan Bea Cukai dengan adanya reformasi yang dilakukan oleh pemerintah. Dari sisi Kelembagaan sebagai fondasi, beberapa perubahan yang dilakukan Bea Cukai antara lain melalui internalisasi sikap dasar, penyempurnaan organisasi, dan pengembangan Jabfung (Jabatan Fungional).
Sedangkan untuk perubahan yang yang disasar terbagi menjadi 4 dimensi yaitu Pelayanan, Penerimaan, Fasilitas, dan Pengawasan.
1) Pelayanan
a. Post Border prohibited and restricted goods licensing
b. Perizinan lartas Post Border
c. Simplifikasi dan percepatan registrasi
d. Pembangunan aplikasi OSS
e. Penambahan penerima AEO dan MITA
2) Penerimaan
a. Penambahan BKC baru
b. Revitalisasi peran pemeriksaan/audit
c. Penentuan proyeksi target bulanan
3) Fasilitas
a. Simplifikasi izin fasilitas KB/KITE
b. Joint Endorsement Fasilitas KB
c. Percepatan restitusi pajak
d. Pertukaran data DJBC-SKK MigasESDM
4) Pengawasan
a. Penertiban Impor, Cukai dan Ekspor Berisiko Tinggi (PICE-BT)
b. Joint Program DJP-DJBC
-
- Joint data (single profile)
- Joint probis impor/fasilitas
- Joint analysis/audit
- Joint collection/enforcement
- Joint Investigation
- Penguatan peran secondment
c. Revitalisasi peran PSO
d. Pembentukan NTC (Narcotics Targetting Center)
Arsip Digital Direktorat Jenderal Bea dan Cukai (DJBC)